分析方法 · 基础教学

分子质量对了，顺序就一定对吗？看懂 MS/MS 碎片

先看两个短序列，再理解 MS/MS 为什么要把整条肽拆开看。

NHD 技术团队3 张教学示意图资料核对：2026-10-11

“AGK”和“GAK”只换了前两个字母，代表的肽就一样吗？不一样。它们含有相同种类和数量的氨基酸，但排列顺序不同，完整分子质量却可能相同。为什么只测总质量还不够？我们用这两个短序列讲清楚。

先看这三个字母在说什么

A、G、K 分别是丙氨酸、甘氨酸和赖氨酸的单字母代码。AGK 与 GAK 都各含一个。如果两端基团相同、没有其它修饰，它们的整体组成和完整质量相同。

不同的是顺序。就像把同样的珠子换个排列，总重量没有变，排列却变了。只测完整质量，就可能分不清这种情况。

MS/MS 会先选取肽产生的某种离子，再让它产生碎片，并测量这些碎片。这样不只看整条链有多重，也能了解链的一部分。

实际产生哪些碎片，与分子和检测条件有关。教材里的“碎片梯子”是帮助理解的示意，不能要求真实图上一定出现每一个预测碎片。

简化的 b 离子梯子，是从序列起始的 N 端看碎片。AGK 可以先看到对应 A、再对应 AG 的碎片；GAK 则先对应 G、再对应 GA。这样，第一个碎片就可能帮助区分两条序列。

真实分析还要结合碎片的化学形式、电荷和实测质量。这张图只画序列片段，没有给出真实检测的碎片质量。

亮氨酸和异亮氨酸的元素组成相同，普通碎片质量梯子可能仍分不清它们。D 型与 L 型的立体差别，也不能仅凭普通质量匹配确定。

因此，读报告时要问：“哪些位置有碎片支持？哪些位置还分不清？”比笼统写一句“序列已确认”更有帮助。

完整质量和 MS/MS 都不会自动给出 HPLC 纯度或生物活性结果。检测了什么，就说明什么，不能把一个结果扩展成所有项目都已确认。

AGK 与 GAK 完整质量相同，能证明顺序相同吗？

查看答案

不能。它们前两个位置不同，合适的碎片数据才可能进一步帮助区分。

如果 MOTS-c 或 LL-37 的研究需要确认序列位置，要明确询问有没有相应的 MS/MS 数据。一份只报告完整质量的资料，不一定包含这一步分析。