ANALYTISCHE METHODEN · PRAXISLEITFADEN
Übereinstimmende Masse ist nicht die ganze Sequenz: Eine Einführung in Peptid-MS/MS
Verwenden Sie zwei kurze Sequenzen, um zu sehen, warum übereinstimmende Masse nicht übereinstimmende Reihenfolge beweisen kann.
Die Wörter “act” und “cat” verwenden dieselben Buchstaben, bedeuten aber unterschiedliche Dinge. Peptidsequenzen können dieselben Bausteine ebenfalls in einer anderen Reihenfolge verwenden. Ihre vollständigen Massen können übereinstimmen, obwohl ihre Sequenzen es nicht tun.
Beginne mit den drei Buchstaben
A, G und K sind Kurzschreibweisen für Alanin, Glycin und Lysin. AGK und GAK enthalten jeweils eines von jedem. Bei übereinstimmenden Enden und ohne weitere Modifikationen stimmen ihre Gesamtzusammensetzung und ihre vollständige Masse überein.
Was sich unterscheidet, ist die Reihenfolge. Eine Messung der Gesamtmasse kann nicht jede Anordnung derselben Bausteine aufdecken.
Welchen zusätzlichen Schritt fügt MS/MS hinzu?
MS/MS wählt zunächst ein Ion aus dem Peptid aus, bricht es dann in Fragmente auf und misst sie. Statt nur die gesamte Kette zu wiegen, sammelt es auch Informationen über Teile der Kette.
Die Fragmente hängen vom Molekül und den Testbedingungen ab. Eine Lehrleiter zeigt die Idee; sie verspricht nicht, dass jedes mögliche Fragment in einem realen Spektrum erscheinen wird.
Ein einfaches Fragment-Leiterdiagramm lesen
Eine vereinfachte b-Ionen-Leiter folgt Fragmenten vom N-Terminus aus. Im AGK-Beispiel entsprechen die ersten Stücke A und AG. Bei GAK entsprechen sie G und GA. Das erste Stück kann daher helfen, die Sequenzen zu unterscheiden.
Echte Zuordnungen erfordern die korrekte Fragmentchemie, Ladung und gemessene Masse. Das Diagramm zeigt Sequenzabschnitte, nicht gemessene Fragmentmassen.
Manche Unterscheidungen erfordern dennoch andere Methoden
Leucin und Isoleucin haben die gleiche elementare Zusammensetzung. Eine einfache Fragmentmassen-Leiter kann sie möglicherweise nicht unterscheiden. Auch gewöhnlicher Massenabgleich zeigt nicht die D- versus L-Stereochemie.
Fragen Sie, welche Positionen durch die Daten gestützt werden und welche mehrdeutig bleiben. Ein Bericht sollte das erklären, anstatt jeden Massentreffer als vollständige Sequenzbestätigung zu behandeln.
Massensuche von Sequenzsuche trennen
Weder die intakte Masse noch MS/MS liefern automatisch ein HPLC Reinheits- oder biologisches Aktivitätsergebnis. Jede Messung sollte danach beschrieben werden, was sie tatsächlich untersucht.
Antwort ansehen
Nein. Ihre ersten beiden Positionen unterscheiden sich. Geeignete Fragmentbelege können helfen, sie zu unterscheiden.
Wenn ein MOTS-c- oder LL-37-Projekt Sequenzinformationen benötigt
Wenn ein MOTS-c- oder LL-37-Projekt Informationen auf Sequenzebene benötigt, fragen Sie gezielt, ob geeignete MS/MS-Daten verfügbar sind. Ein Dokument, das die intakte Masse angibt, enthält möglicherweise nicht diese zusätzliche Analyse.
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