Eine Peptidbibliothek ist ein Satz von Sequenzen. Ein Peptidpool ist ein Gemisch daraus. Eine Matrixanordnung organisiert mehrere Gemische so, dass jede Sequenz in einer bekannten Kombination von Pools vorkommt. Dies kann helfen, ein Screening-Ergebnis einzugrenzen, sofern Anordnung und Folgeprüfungen klar sind.
Stellen Sie sich ein Raster mit drei mal drei Feldern vor
Ein eigenes Planungsbeispiel: Bezeichnen Sie neun Peptide mit P1 bis P9. Legen Sie P1, P2 und P3 in die erste Zeile, P4, P5 und P6 in die zweite sowie P7, P8 und P9 in die dritte. Erstellen Sie einen Pool für jede Zeile und einen für jede Spalte. Nun gibt es 3 + 3 = 6 Pools, und jedes Peptid kommt zweimal vor.
Die Schnittstelle weist auf einen Kandidaten hin
Angenommen, Zeile zwei und Spalte drei liefern positive Ergebnisse. Ihre gemeinsame Position ist P6. Damit ist P6 ein Kandidat für eine Einzelprüfung; es ist jedoch nicht bewiesen, dass P6 allein die Reaktion verursacht hat. Mehrere aktive Peptide, Wechselwirkungen und uneinheitliche Messungen können das Muster komplizierter machen. JPT beschreibt Matrixpools als Möglichkeit, solche Screenings zu organisieren. [1]
Sechs Pools bedeuten nicht sechs abschließende Versuche
Die obige Zählung umfasst keine Wiederholungen, Blindproben, Kontrollen oder Einzelfolgeprüfungen. Sie sagt auch nichts über die erforderliche Menge pro Pool aus. Eine geringere Zahl anfänglicher Screening-Prüfungen hilft bei der Planung, sollte aber weder als feste Kosteneinsparung noch als vollständige Identifikation beworben werden.
Fragen Sie eine Menge je Komponente an
Die Anfrage „ein Milligramm pro Pool“ lässt die Verteilung auf die Komponenten offen. Geben Sie an, ob gleiche Massen, gleiche Stoffmengen oder eine andere definierte Regel verwendet werden. Fordern Sie die Liste der Poolbestandteile, die Komponentenmengen und die bei der Herstellung verwendete Mengenbasis an.
Senden Sie einen Plan, den andere rekonstruieren können
Fügen Sie vollständige Sequenzen, Zeilen- und Spaltenzuordnung, erforderliche Prüfungen und gegebenenfalls den Bedarf an separaten Reservefläschchen bei. Behalten Sie die ursprünglichen Sequenzkennungen auf den gelieferten Etiketten bei. NHD kann eine schriftliche Poolanordnung über die kundenspezifische Anfrage bewerten; dieser Leitfaden bestätigt keine Verfügbarkeit eines bestimmten Poolformats.
Nützliche Links
- Gestaltung überlappender Bibliotheken
- Anfragen zu kundenspezifischen Peptiden
- Eine Poolanordnung senden
Nur für Laborforschung, Entwicklung und Herstellung. Nicht zur Anwendung am Menschen oder in der Veterinärmedizin.
Quellen und Beispiele
Die Quellen erläutern das Thema; sie belegen weder NHD-Lagerbestände noch Ergebnisse einer gelieferten Charge oder klinische Eignung. Ausdrücklich als hypothetisch gekennzeichnete Beispiele sind Berechnungen und keine Prüfdaten.
