LC–MS ペプチドの同一性：質量と電荷を段階的に読む

製品シートには、ペプチドの分子量が約1,000 Daと記載されています。そのマススペクトルには501.5付近にピークがあります。サンプルは間違っているのでしょうか？必ずしもそうとは限りません。グラフは中性分子量ではなく、質量を電荷で割った値を示している可能性があります。このガイドでは、その違いを順を追って説明します。

1。LCとMSは問いの異なる部分に答えます

LCは液体クロマトグラフィーを意味します。サンプル成分を時間ごとに分離します。MSは質量分析法を意味します。イオンをその質量対電荷比で測定し、m/zと表記します。Thermo Fisherは、この分離と測定のワークフローを入門ガイドで説明しています。

LCは成分のグループが異なる時間に到着するもの、MSは各グループに到着した荷電粒子を調べるものと考えてください。両者を結び付けるには、どのクロマトグラフィーピークまたは時間窓がそのスペクトルを供給したかを確認します。

2。最大ピークを読む前に軸を読みましょう

横軸は通常m/zです。縦軸は強度または相対存在量です。高い線は、その条件下で強いイオンシグナルがあることを意味します。バイアル中のミリグラム量を直接示すものではなく、生物学的活性を証明するものでもありません。

電荷数zが重要です。正のエレクトロスプレーでは、同じペプチドが2つまたは3つのプロトンを帯び、その結果、異なるm/z値にシグナルを生じることがあります。複数のシグナルは、自動的に複数のペプチド不純物を意味するわけではありません。

3。m/z から中性質量へ逆算する

プロトン化イオン [M + zH]z+ の場合、M = z × m/z − z × 1.007276 を使用します。この定数は Da におけるおおよそのプロトン質量です。この式は、ナトリウム付加体やその他のイオン種にそのまま適用できるものではありません。

2 × 501.0073 − 2 × 1.007276 ≈ 1,000.0000 Da

z=3 のシグナルは、丸めの範囲内で同じ中性質量を与えます。これらの帰属の一致は、計算の確認に役立ちます。ただし、電荷状態とイオン種が正しく帰属されたことを検証する必要は依然としてあります。

4。同じ種類の質量を比較してください

参考文献には平均質量が記載され、高分解能の結果にはモノアイソトピック質量が報告されることがあります。これらは異なる表記法です。期待値を選ぶ前に、宣言された配列、末端基、修飾、分子形態も確認してください。

GHK-Cu のような銅含有材料では、観測されるすべてのシグナルがペプチド単体の質量や単一のプロトン化化学式で説明できると仮定しないでください。その方法がどの種を同定しようとしているのかを問い合わせてください。塩、金属結合、フラグメンテーション、イオン形成には適切な解釈が必要です。

5。質量が一致すれば配列全体が証明されるのでしょうか？

それは質量の一致を支持するものです。その質量を持つすべての構造をそれだけで解明するものではありません。例えば、ロイシンとイソロイシンは同じ元素組成を持ちます。残基を並べ替えても、無傷の総質量は変わりません。

配列の確認が重要な場合は、他にどのような証拠があるかを問い合わせてください。MS/MSは無傷のイオンだけでなく、フラグメントを調べます。それでも、報告にはカバレッジと限界を記載すべきです。基本的な無傷質量のスクリーンショットを、配列、立体化学、純度の完全な証明として提示すべきではありません。

6。研究室に何を問い合わせるべきでしょうか？

サンプルとロットの識別子、該当するLCピークに対応するスペクトル、期待質量と測定質量、質量の表記法、イオン帰属および電荷状態を求めてください。実験室に対し、重要な未一致シグナルと実際の受入基準を説明するよう依頼してください。本記事は普遍的な許容範囲を提供しません。

このガイドを製品に関するお問い合わせでご利用ください

以下のような材料については MOTS-c、GHK-Cu、まず正確な形態、数量、研究上の疑問点を特定してください。次に、該当ロットについて利用可能な記録を尋ねてください。製品名が一致していても、異なる仕様が互換性を持つわけではありません。

製品および文書要件についてNHDにご相談ください。学習を続ける： クロマトグラムの読み方 / 純度と含量.