MÉTODOS ANALÍTICOS · GUIA PRÁTICO
Massa Compatível Não É a Sequência Inteira: Uma Introdução à MS/MS de Peptídeos
Use duas sequências curtas para ver por que massa coincidente não pode provar ordem coincidente.
As palavras “act” e “cat” usam as mesmas letras, mas significam coisas diferentes. As sequências de peptídeos também podem usar os mesmos blocos de construção em uma ordem diferente. Suas massas completas podem coincidir mesmo que suas sequências não coincidam.
Comece com as três letras
A, G e K são abreviações de alanina, glicina e lisina. AGK e GAK contêm um de cada. Com extremidades correspondentes e sem outras modificações, sua composição geral e massa completa coincidem.
O que difere é a ordem. Uma medição da massa total não consegue revelar todos os arranjos dos mesmos blocos de construção.
Que etapa adicional a MS/MS acrescenta?
A MS/MS primeiro seleciona um íon do peptídeo, depois o fragmenta e mede os fragmentos. Em vez de pesar apenas a cadeia inteira, ela também reúne informações sobre partes da cadeia.
Os fragmentos dependem da molécula e das condições do teste. Uma escada didática mostra a ideia; ela não promete que todos os fragmentos possíveis aparecerão em um espectro real.
Leia uma escada de fragmentos simples
Uma escada de íons b simplificada acompanha fragmentos a partir da extremidade N-terminal. No exemplo AGK, as primeiras peças correspondem a A e AG. Em GAK, elas correspondem a G e GA. A primeira peça pode, portanto, ajudar a distinguir as sequências.
Atribuições reais precisam da química de fragmentos correta, carga e massa medida. O diagrama mostra porções da sequência, não massas de fragmentos medidas.
Algumas distinções ainda precisam de outros métodos
Leucina e isoleucina têm a mesma composição elementar. Uma escada básica de massas de fragmentos pode não distingui-las. A correspondência de massa comum também não estabelece a estereoquímica D versus L.
Pergunte quais posições os dados sustentam e quais permanecem ambíguas. Um relatório deve explicar isso em vez de tratar cada correspondência de massa como confirmação completa da sequência.
Separe a correspondência de massa da correspondência de sequência
Nem a massa intacta nem a MS/MS fornecem automaticamente um resultado de pureza HPLC ou de atividade biológica. Cada medição deve ser descrita pelo que ela realmente examina.
Ver a resposta
Não. Suas duas primeiras posições diferem. Evidências de fragmentação adequadas podem ajudar a distingui-los.
Quando um projeto MOTS-c ou LL-37 precisa de informações de sequência
Se um projeto MOTS-c ou LL-37 precisa de informações em nível de sequência, pergunte especificamente se dados de MS/MS adequados estão disponíveis. Um documento que relata massa intacta pode não incluir essa análise adicional.
Discuta requisitos de material e documentos com NHD · Continue com o guia analítico