À côté du pic de peptide attendu apparaissent des signaux réguliers. Ils peuvent être liés à des adduits de sodium ou de potassium, ou avoir d'autres causes. Avant de conclure, vérifiez si l'axe des abscisses de l'instrument est en masse ou en rapport masse/charge, puis confirmez la charge de l'ion.
Commençons par l'ion le plus simple
Soit M le peptide neutre. L'ion protoné courant à charge unique s'écrit [M+H]⁺, et l'adduit de sodium à charge unique s'écrit [M+Na]⁺. En comparant ces deux ions, le sodium remplace un proton ; la différence n'est donc pas la masse de l'atome de sodium elle-même, mais d'environ 21,9819 Da. La différence correspondante pour le potassium remplaçant un proton est d'environ 37,9559 Da. Il s'agit ici de la différence de masse entre des formes ioniques précises, et non de l'intervalle que devraient présenter tous les pics supplémentaires. [1] [3]
Avec deux charges, l'intervalle sur l'axe des abscisses diminue
La spectrométrie de masse utilise couramment m/z en abscisse, c'est-à-dire la relation entre la masse et le nombre de charges. Pour deux ions de même état de charge où un sodium remplace un proton, si le nombre de charges est 2, l'intervalle attendu est d'environ 21,9819÷2=10,9910 unités m/z. L'intervalle correspondant pour un remplacement par le potassium est d'environ 18,9779. On ne peut pas, en voyant dans la zone à double charge des pics séparés d'environ 11, affirmer que la masse moléculaire neutre ne diffère que de 11 Da. [2]
Différences théoriques pour un remplacement de proton par un métal
- Charge unique, sodium remplaçant un proton: environ 21,9819 Da ; différence m/z d'environ 21,9819
- Double charge, sodium remplaçant un proton: différence m/z d'environ 10,9910
- Charge unique / double charge, potassium remplaçant un proton: différence m/z d'environ 37,9559 / 18,9779
Retrouver un même ensemble d'ions
Déterminez d'abord un état de charge fondé sur des éléments concrets, puis cherchez si des informations cohérentes sur la protonation, les adduits et la distribution isotopique existent. Si nécessaire, combinez le temps de rétention, d'autres états de charge et les résultats de déconvolution. Un temps de rétention proche ne fournit qu'un indice, ce n'est pas une preuve universelle qu'il s'agit de la même substance. Un échantillon réel peut contenir des ions mélangés, plusieurs adduits ou des impuretés ; on ne peut pas, sur la seule base d'une différence approximative observée une fois, tirer une conclusion pour chaque signal.
Les adduits et la dégradation chimique doivent être considérés séparément
Les adduits de sodium et de potassium peuvent être liés à l'échantillon, au solvant, aux sels tampons ou aux matériaux en contact. Ce n'est pas la même explication qu'une modification chimique du peptide, comme une oxydation. Même si l'on explique avec succès certains pics d'adduits, cela ne signifie pas que l'échantillon ne contient pas d'autres composants, ni que la pureté atteint une valeur donnée. Si le laboratoire recommande un dessalage ou un changement des conditions de préparation, conservez les enregistrements avant et après traitement pour voir si les preuves soutiennent le jugement initial.
Dans un rapport, on peut écrire le calcul en trois lignes
Première ligne : l'expression de l'ion et sa charge ; deuxième ligne : le m/z observé et la différence ; troisième ligne : la différence théorique, la tolérance admise et les informations à l'appui. Par exemple, « candidat : un adduit de sodium, charge 2, différence théorique d'environ 10,9910 unité m/z » est plus clair que « il y a 11 de plus, donc c'est du sodium ». La précision de masse et la résolution sont différentes, et la capacité de jugement l'est aussi ; les valeurs approximatives de cet article servent à l'enseignement et ne donnent pas de tolérance universelle pour les réglages d'un instrument.
Rattacher la question de l'identité aux documents du produit
La masse attendue de produits comme BPC-157 ou MOTS-c doit être fondée sur la séquence réelle, les extrémités et les modifications. Lors d'une demande de devis ou d'un envoi pour analyse, fournissez ces informations ainsi que les formes ioniques observées. Si vous ne disposez que d'un spectre tronqué, demandez d'abord le résultat complet et l'attribution des pics, puis faites le lien avec le lot. Dans un catalogue, une même abréviation ne peut pas remplacer la définition structurale complète de toutes les formes.
Sources originales
- NIST · isotopic composition and atomic masses
- IUPAC · mass-spectrometry terminology recommendations · 2013
- NIST atomic masses and isotopic compositions: potassium
Vérifiez séparément les conditions de l’étude et les documents du matériau. Les calculs pédagogiques ne sont pas des résultats d’analyse de lot.
BPC-157
MOTS-c (Human)
