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ペプチドのアセチル化とアミド化：それぞれの末端で何が変わるのか？

末端修飾を計算する前に、ペプチドの両端を理解しましょう。

NHD技術チーム教育用の図3点資料確認：2026-10-11

2つのラベルが同じペプチド配列を示していますが、一方には「Ac」または「アミド」とも書かれています。これらの製品は同一ですか？これらの小さな付加は、鎖の末端への変化を表しています。それらは仕様と予想質量の両方に含めるべきです。

ペプチドには始まりと終わりがあります

ペプチド配列は通常、アミノ末端（N末端と呼ばれる）からカルボキシル末端（C末端と呼ばれる）に向かって書かれます。どちらかの末端の基を変えると、配列の文字を変えずに分子が変わることがあります。

この図は、三次元構造ではなく、簡略化した末端基の変化を示しています。

対応する自由末端と比較して、正味の付加組成はC2H2Oです。その単同位体質量への寄与は+42.010565 Daです。

修飾だけでなく位置も明記してください。+42のシフトだけでは、アセチル基がN末端にあるのか他の適切な位置にあるのかはわかりません。

簡略化したイメージでは、C末端のCOOH基がCONH2になります。この置き換えは原子を変化させるものであり、単に余分な基を上に追加するものではありません。モノアイソトピック質量の変化は−0.984016 Daです。

マイナス記号はそのままにしてください。参照が平均分子質量を使用している場合は、対応する平均質量の計算を代わりに使用してください。

未修飾のモノアイソトピック質量の例1,000.000000 Daから始めます。N末端アセチル化には42.010565を加え、C末端アミド化には0.984016を引きます。結果は1,041.026549 Daとなり、分子の残りの部分は変化しません。

この計算は質量差を予測するものです。これらの変化の生物学的効果や安定性を予測するものではありません。

同じ例がC末端アミド化のみを受けた場合、結果はどうなりますか？

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1,000.000000 − 0.984016 = 999.015984 Da。

アセチル化とは、アセチル基が分子に共有結合していることを意味します。酢酸塩は、物質に伴う塩成分、すなわちカウンターイオンを表します。酢酸塩という表示だけでは、ペプチドがN末端でアセチル化されていることを意味するものではありません。

配列、N末端およびC末端の基、その他の修飾、塩の形態を別々の詳細として記載してください。

チモシンα1またはKPVについては、選択したバリアントの実際の末端基を確認してください。物質の依頼や比較の際は、配列と合わせてそれらを保持してください。