MÉTHODES ANALYTIQUES · GUIDE PRATIQUE
Une masse correspondante ne constitue pas toute la séquence : introduction à la spectrométrie de masse en tandem des peptides
Utilisez deux séquences courtes pour voir pourquoi une masse identique ne peut pas prouver un ordre identique.
Les mots “ act ” et “ cat ” utilisent les mêmes lettres mais signifient des choses différentes. Les séquences peptidiques peuvent aussi utiliser les mêmes briques dans un ordre différent. Leurs masses complètes peuvent correspondre même si leurs séquences diffèrent.
Commençons par les trois lettres
A, G et K sont des abréviations pour l'alanine, la glycine et la lysine. AGK et GAK contiennent chacun un de chaque. Avec des extrémités identiques et sans autres modifications, leur composition globale et leur masse complète correspondent.
Ce qui diffère, c'est l'ordre. Une mesure de la masse totale ne peut pas révéler toutes les dispositions des mêmes briques.
Quelle étape supplémentaire la MS/MS apporte-t-elle ?
La MS/MS sélectionne d'abord un ion du peptide, puis le fragmente et mesure les fragments. Au lieu de peser uniquement la chaîne entière, elle recueille aussi des informations sur des morceaux de la chaîne.
Les fragments dépendent de la molécule et des conditions d'analyse. Une échelle pédagogique illustre le principe ; elle ne garantit pas que chaque fragment possible apparaîtra dans un spectre réel.
Lire une échelle de fragments simple
Une échelle simplifiée d'ions b suit les fragments à partir de l'extrémité N-terminale. Dans l'exemple AGK, les premiers morceaux correspondent à A et AG. Dans GAK, ils correspondent à G et GA. Le premier morceau peut donc aider à distinguer les séquences.
Les attributions réelles nécessitent la chimie de fragmentation, la charge et la masse mesurée correctes. Le schéma montre des portions de séquence, pas des masses de fragments mesurées.
Certaines distinctions nécessitent encore d'autres méthodes
La leucine et l'isoleucine ont la même composition élémentaire. Une échelle simple de masses de fragments peut ne pas les distinguer. La correspondance de masse ordinaire n'établit pas non plus la stéréochimie D versus L.
Demandez quelles positions les données soutiennent et lesquelles restent ambiguës. Un rapport devrait l'expliquer plutôt que de traiter chaque correspondance de masse comme une confirmation complète de séquence.
Séparer la correspondance de masse de la correspondance de séquence
Ni la masse intacte ni la MS/MS ne donne automatiquement un résultat de pureté HPLC ou d'activité biologique. Chaque mesure doit être décrite pour ce qu'elle examine réellement.
Voir la réponse
Non. Leurs deux premières positions diffèrent. Des données de fragmentation appropriées peuvent aider à les distinguer.
Lorsqu'un projet MOTS-c ou LL-37 nécessite des informations de séquence
Si un projet MOTS-c ou LL-37 nécessite des informations au niveau de la séquence, demandez spécifiquement si des données MS/MS appropriées sont disponibles. Un document rapportant la masse intacte peut ne pas inclure cette analyse supplémentaire.
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