Duas versões de um peptídeo podem ter a mesma sequência de aminoácidos, mas massas ligeiramente diferentes porque uma ligação se formou dentro da molécula. Uma ligação dissulfeto é um exemplo: sob um modelo simples de oxidação, formar uma ligação remove dois átomos de hidrogênio.
O que acontece quando a ligação se forma?
Duas cadeias laterais de cisteína podem se unir por meio de seus átomos de enxofre. Em comparação com os tióis reduzidos correspondentes, o dissulfeto resultante contém dois átomos de hidrogênio a menos. Esta explicação presume que uma ligação especificada se forma sem outras mudanças químicas; amostras reais podem conter misturas ou modificações adicionais.
A diferença calculada é de cerca de 2.016 Da
O NIST fornece a massa de um átomo de hidrogênio-1 como 1.00782503223 Da. Remover dois dá uma mudança de massa monoisotópica neutra calculada de −2.01565006446 Da. Em um exemplo didático, um peptídeo reduzido com massa monoisotópica neutra 2000.00000 Da se tornaria aproximadamente 1997.98435 Da após a formação de uma dessas ligações. Esses são números ilustrativos, não uma medição de lote.
Espectros brutos podem mostrar uma diferença menor
Se ambos os íons tiverem carga +2, a diferença de m/z correspondente é aproximadamente 1.007825. Isso é metade da diferença de massa neutra. Comparar diretamente uma massa neutra calculada com um pico de íon bruto não atribuído pode, portanto, criar confusão mesmo quando a química é compreendida.
A massa não prova o arranjo das ligações
Uma massa compatível com uma ligação dissulfeto não identifica, por si só, quais cisteínas estão conectadas quando várias estão presentes. O FAQ da Bachem também distingue resíduos de cisteína de um arranjo de dissulfeto especificamente solicitado. Para um pedido, forneça o emparelhamento de cisteínas pretendido, não apenas as letras C na sequência. Pergunte quais evidências apoiam esse arranjo e se uma comparação reduzida é necessária para sua investigação específica.
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Registros primários e fontes de autoridade
- NIST: massas isotópicas de hidrogênioReferência pública, não é evidência de lote NHD.
- Bachem: FAQ de especificação de peptídeosReferência pública, não é evidência de lote NHD.
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