Zwei Versionen eines Peptids können dieselbe Aminosäuresequenz haben, aber leicht unterschiedliche Massen, weil sich im Molekül eine Bindung gebildet hat. Eine Disulfidbindung ist ein Beispiel: In einem einfachen Oxidationsmodell entfernt die Bildung einer Bindung zwei Wasserstoffatome.
Was passiert, wenn sich die Bindung bildet?
Zwei Cystein-Seitenketten können sich über ihre Schwefelatome verbinden. Im Vergleich zu den entsprechenden reduzierten Thiolen enthält das resultierende Disulfid zwei Wasserstoffatome weniger. Diese Erklärung geht davon aus, dass eine bestimmte Bindung ohne weitere chemische Veränderungen entsteht; reale Proben können Mischungen oder zusätzliche Modifikationen enthalten.
Der berechnete Unterschied beträgt etwa 2.016 Da
NIST gibt die Masse eines Wasserstoff-1-Atoms mit 1.00782503223 Da an. Entfernt man zwei, ergibt sich eine berechnete neutrale monoisotopische Massenänderung von −2.01565006446 Da. In einem Lehrbeispiel würde ein reduziertes Peptid mit einer neutralen monoisotopischen Masse von 2000.00000 Da nach Bildung einer solchen Bindung ungefähr 1997.98435 Da erreichen. Dies sind illustrative Zahlen, keine gemessene Charge.
Rohe Spektren können eine kleinere Lücke zeigen
Wenn beide Ionen die Ladung +2 haben, beträgt die entsprechende m/z-Lücke ungefähr 1.007825. Das ist die Hälfte der neutralen Massendifferenz. Wenn man eine neutrale berechnete Masse direkt mit einem nicht zugeordneten rohen Ionenpeak vergleicht, kann das daher Verwirrung stiften, selbst wenn die Chemie verstanden ist.
Die Masse beweist nicht die Bindungsanordnung
Eine mit einem Disulfid vereinbare Masse allein identifiziert nicht, welche Cysteine verbunden sind, wenn mehrere vorhanden sind. Bachem’s FAQ unterscheidet außerdem Cysteinreste von einer spezifisch angeforderten Disulfidanordnung. Geben Sie für eine Bestellung die beabsichtigte Cysteinpaarung an, nicht nur die Buchstaben C in der Sequenz. Fragen Sie, welche Belege diese Anordnung stützen und ob für Ihre spezielle Untersuchung ein reduzierter Vergleich erforderlich ist.
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Primäraufzeichnungen und maßgebliche Quellen
- NIST: hydrogen isotope massesÖffentliche Referenz, kein NHD Chargenbeweis.
- Bachem: FAQ zur PeptidspezifikationÖffentliche Referenz, kein NHD Chargenbeweis.
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