Deux versions d'un peptide peuvent avoir la même séquence d'acides aminés mais des masses légèrement différentes parce qu'une liaison s'est formée à l'intérieur de la molécule. Une liaison disulfure en est un exemple : selon un modèle d'oxydation simple, la formation d'une liaison retire deux atomes d'hydrogène.
Que se passe-t-il lorsque la liaison se forme ?
Deux chaînes latérales de cystéine peuvent se joindre par leurs atomes de soufre. Comparé aux thiols réduits correspondants, le disulfure obtenu contient deux atomes d'hydrogène en moins. Cette explication suppose qu'une liaison donnée se forme sans autres changements chimiques ; les échantillons réels peuvent contenir des mélanges ou des modifications supplémentaires.
La différence calculée est d'environ 2.016 Da
Le NIST donne la masse d'un atome d'hydrogène-1 comme 1.00782503223 Da. En retirer deux donne un changement de masse monoisotopique neutre calculé de −2.01565006446 Da. Dans un exemple pédagogique, un peptide réduit de masse monoisotopique neutre 2000.00000 Da deviendrait approximativement 1997.98435 Da après formation d'une telle liaison. Ce sont des nombres illustratifs, pas un lot mesuré.
Les spectres bruts peuvent montrer un écart plus petit
Si les deux ions ont une charge +2, l'écart m/z correspondant est approximativement 1.007825. C'est la moitié de la différence de masse neutre. Comparer directement une masse neutre calculée avec un pic ionique brut non attribué peut donc créer de la confusion même lorsque la chimie est comprise.
La masse ne prouve pas l'arrangement des liaisons
Une masse compatible avec un seul pont disulfure ne permet pas, à elle seule, d'identifier quelles cystéines sont connectées lorsque plusieurs sont présentes. La FAQ de Bachem distingue également les résidus cystéine d'un agencement disulfure spécifiquement demandé. Pour une commande, fournissez l'appariement de cystéines prévu, et pas seulement les lettres C dans la séquence. Demandez quelles preuves soutiennent cet agencement, et si une comparaison réduite est nécessaire pour votre investigation particulière.
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Documents primaires et sources faisant autorité
- NIST : masses isotopiques de l'hydrogèneRéférence publique, pas une preuve de lot NHD.
- Bachem : FAQ sur les spécifications des peptidesRéférence publique, pas une preuve de lot NHD.
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