ANALYTISCHE METHODEN · PRAXISLEITFADEN
Peptid-Massenfehler: Warum 0.01 Da verschiedene ppm-Werte bedeuten kann
Rechnen Sie eine Massendifferenz in ppm um und prüfen Sie dann, welche Massen verglichen wurden.
Die gemessene Masse liegt 0.01 Da über der erwarteten Masse. Ist das nah dran? Das hängt von der Größe des Moleküls ab. ppm drückt den Unterschied relativ zur erwarteten Masse aus, nicht nur in Dalton.
Da gibt die Differenz an; ppm gibt ihr Verhältnis an
Da, oder Dalton, ist eine Einheit der Molekülmasse. Ein Unterschied von 0.01 Da ist eine absolute Differenz. ppm bedeutet Teile pro Million: hier beschreibt es die Massendifferenz als Bruchteil der Referenzmasse, multipliziert mit einer Million.
Die Formel lautet: ppm-Fehler = (gemessene Masse − Referenzmasse) ÷ Referenzmasse × 1,000,000.
Rechnen Sie ein 1,000 Da Beispiel durch
Die Referenz ist 1,000.0000 Da und der gemessene Wert ist 1,000.0100 Da. Die Subtraktion ergibt +0.0100 Da. Teilen Sie durch 1,000 und multiplizieren Sie mit einer Million: +10 ppm.
Das Pluszeichen bedeutet, dass die Messung höher liegt. Ein gemessener Wert von 999.9900 Da würde stattdessen −10 ppm ergeben.
Verwenden Sie dieselbe Differenz mit einem schwereren Molekül
Bei einer Referenzmasse von 5,000 Da beträgt eine Differenz von +0.01 Da +2 ppm. Dieselbe absolute Differenz macht einen kleineren Anteil der Masse des größeren Moleküls aus.
Deshalb ist “die Massen unterscheiden sich um 0.01 Da” unvollständig, wenn Sie relative Fehler vergleichen möchten.
Achten Sie darauf, Gleiches von Gleichem zu subtrahieren
Eine Massenspektrum-Achse zeigt oft m/z, also Ionenmasse geteilt durch Ladung. Subtrahieren Sie das nicht direkt von einer neutralen Molekülmasse. Prüfen Sie außerdem, ob die Referenz die monoisotopische Masse oder die durchschnittliche Masse verwendet; das sind unterschiedliche Arten, die Molekülmasse zu beschreiben.
Auch die erwartete Produktform, Modifikationen und Ionenzuordnung müssen übereinstimmen. Ein kleiner Fehler stützt eine Massenübereinstimmung, beweist aber nicht die gesamte Sequenz oder biologische Aktivität.
Versuchen Sie ein anderes Wertepaar
Behalten Sie während der Berechnung genügend Dezimalstellen bei und runden Sie erst das Endergebnis. Ob das akzeptabel ist, hängt von der Methode und der geprüften Frage ab.
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+0.0060 ÷ 2,000 × 1,000,000 = +3 ppm.
Prüfung eines MOTS-c- oder SS-31-Massenergebnisses
Verwenden Sie für MOTS-c oder SS-31 die Referenzmasse für die exakt angegebene Form. Fragen Sie, welcher Massentyp und welche Ionen im Vergleich verwendet wurden, damit die ppm-Berechnung von übereinstimmenden Werten ausgeht.
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