MÉTHODES ANALYTIQUES · GUIDE PRATIQUE
Erreur de masse peptidique : pourquoi 0.01 Da peut signifier différentes valeurs ppm
Convertissez une différence de masse en ppm, puis vérifiez quelles masses ont été comparées.
La masse mesurée est de 0.01 Da au-dessus de la masse attendue. Est-ce proche ? Cela dépend de la taille de la molécule. Le ppm exprime la différence par rapport à la masse attendue, plutôt qu'en daltons uniquement.
Da donne la différence ; le ppm donne sa proportion
Da, ou dalton, est une unité de masse moléculaire. Une différence de 0.01 Da est une différence absolue. ppm signifie parties par million : ici, il décrit la différence de masse comme une fraction de la masse de référence, multipliée par un million.
La formule est : erreur en ppm = (masse mesurée − masse de référence) ÷ masse de référence × 1,000,000.
Travailler un exemple de 1,000 Da
La référence est 1,000.0000 Da et la valeur mesurée est 1,000.0100 Da. La soustraction donne +0.0100 Da. Diviser par 1,000 et multiplier par un million : +10 ppm.
Le signe plus signifie que la mesure est plus élevée. Une valeur mesurée de 999.9900 Da donnerait plutôt −10 ppm.
Utilisez la même différence avec une molécule plus lourde
À une masse de référence de 5,000 Da, une différence de +0.01 Da vaut +2 ppm. La même différence absolue représente une part plus petite de la masse de la molécule plus grande.
C’est pourquoi “ les masses diffèrent de 0.01 Da ” est incomplet lorsque vous voulez comparer des erreurs relatives.
Assurez-vous de soustraire des grandeurs de même nature
Un axe de spectre de masse indique souvent m/z, c’est-à-dire la masse de l’ion divisée par sa charge. Ne la soustrayez pas directement d’une masse moléculaire neutre. Vérifiez aussi si la référence utilise la masse monoisotopique ou la masse moyenne ; ce sont deux façons différentes de décrire la masse moléculaire.
La forme attendue du produit, les modifications et l’attribution des ions doivent aussi correspondre. Une petite erreur appuie une correspondance de masse, mais ne prouve pas toute la séquence ni l’activité biologique.
Essayez une autre paire de valeurs
Conservez suffisamment de décimales pendant le calcul, puis arrondissez le résultat final. Son acceptabilité dépend de la méthode et de la question testée.
Voir la réponse
+0.0060 ÷ 2,000 × 1,000,000 = +3 ppm.
Vérification d'un résultat de masse MOTS-c ou SS-31
Pour MOTS-c ou SS-31, utilisez la masse de référence pour la forme exacte fournie. Demandez quel type de masse et quels ions ont été utilisés dans la comparaison, afin que le calcul en ppm parte de valeurs correspondantes.
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